学院前身是成立于2001年的南京大学管理科学与工程研究院，2003年撤研究院成立工程管理学院。目前，学院拥有管理科学与工程一级学科博士学位授予点和博士后流动站，管理科学与工程也是江苏省重点学科，其中《计算管理科学与商务智能》交叉学科方向入选江苏省优势学科序列。学院还拥有管理科学工程、控制科学与工程两个一级学科硕士学位授予点，以及工业工程、物流工程、项目管理、控制工程和金融硕士五个专业硕士学位授予点。同时，学院设置有工业工程、金融工程、自动化三个本科专业，形成了本科生、硕士、博士研究生完整的人才培养体系。自成立以来，学院吸引了一批海内外优秀学者，形成了一支年富力强、积极进取、团结奋进的教师队伍。学院教师学缘结构多样，学风严谨包容，现有专任教师49人，平均年龄在40岁以下，大多教师在国内外著名高校获得博士学位或拥有海外访问、进修经历。
学院注重精研学术和科技创新，在科学技术和经济管理领域取得了许多重要成果。近年来，学院承担国家自然科学基金重大项目、国家***科学基金项目、国家社会科学基金重大项目、国家自然科学基金重点项目，另有科技部国家科技支撑计划、国家973计划、国家重大科学仪器设备开发专项、国家自然科学基金面上项目、青年项目等60余项，科研经费总额超过4700万。2012-2015年间，学院教师在国内外核心刊物发表论文500余篇，其中SCI、SSCI、 EI、CSSCI收录近300篇，包括OperationsResearch, Production and Operation Management, Mathematical programming, Transportationresearch-B，IEEE Transactions on Automatic Control、IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics、以及《管理科学学报》《管理世界》《经济研究》《自动化学报》等国内外一流期刊。五年来，学院获得各类奖项15项，其中教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学二等奖和人文社会科学二等奖各1项，工信部国防科技进步一等奖、中国兵器工业科技进步一等奖和国家科技进步奖有效候选人 1人，江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖1项，物流与采购联合会科学技术进步奖一等奖(部级)1项。国家***科学基金获得者肖条军教授获得科学中国人2014年度人物，并连续两年入选中国“高被引学者”榜单。
学院着力服务于国家和地方经济社会建设的重大需求，为各行各业输送了大量的高端人才，并积极推进科技成果向现实生产力转化。学院先后承担了国家重大基础设施工程建设管理咨询与研究工作，包括囊括了四个世界第一的苏通大桥，在建的跨境投资逾千亿级的港珠澳大桥，以及无锡地铁、广乐高速、灌河大桥等工程。在投融资与金融服务领域，学院长期与中国证监会、上海证券交易所、中国金融期货交易所等机构联合开展中国资本市场研究和政策咨询。此外，学院还承担了总装备部重点项目子项等多个重大国防项目，为国家国防事业做出积极贡献。
